La clairière des Yoraïs est inondée. Pour ne pas périr noyés, les esprits de la forêt sont obligés de transformer Fox en lune afin de s’extraire de leurs statues. Désormais, s’ils veulent récupérer leur ami, Les mini-ninjas vont devoir trouver quelle est la cause de l’inondation. Mais nos héros vont vite découvrir que le ruisseau responsable du désastre est sorti de son lit à cause d’une mine de fer exploitée par Shoko et ses samouraïs…