Ted e Barney vanno in un'agenzia matrimoniale per trovare le loro anime gemelle ma, come prima cosa, la responsabile caccia fuori Barney, capendo che sta solo cercando belle ragazze con cui passare una notte. Decide invece di aiutare Ted, che ha buone intenzioni, e gli fa compilare dei questionari. Nel frattempo Marshall e Lily vedono nell'appartamento una strano animale, metà scarafaggio metà topo, che loro ribattezzano "scaratopo". Tentano di catturarlo, ma non riescono a prenderlo. Spaventati, fuggono via ed iniziano a programmare un piano d'attacco. La responsabile dell'agenzia matrimoniale non riesce a trovare nessuno compatibile con Ted, anche se in realtà una ragazza ci sarebbe, ma è già impegnata. Ted decide di conoscerla ad ogni costo e va nello studio dove lavora come dermatologa. La donna si sta per sposare e, nonostante abbia tutti i requisiti per stare bene anche con Ted, gli fa capire che l'amore non è una scienza esatta. Con l'aiuto di Robin, Marshall e Lily riescono a lanciare dalla finestra lo scaratopo, scoprendo che può anche volare. Ted capisce che la sua anima gemella è fuori da qualche parte e decide di non smettere di cercare.