Viene ritrovato il cadavere di un uomo scuoiato e impalato su un obelisco: il modus operandi ricorda quello di Pelant. Angela e Hodgins rimandano i preparativi per la partenza per aiutare nelle indagini, mentre Bones e Booth decidono che questo sarà il loro ultimo caso, in quanto hanno intenzione di iniziare una nuova vita. Durante le indagini si scopre che il movente dell'omicidio sono i soldi che Pelant aveva rubato a Hodgins e che non erano mai stati trovati. Bones mette alla prova i suoi tirocinanti per vedere se sono in grado di rimpiazzarla. Alla fine, Booth e Aubrey arrestano l'assassina. Angela ritrova i soldi rubati, ma Hodgins le chiede di darli in beneficenza; lei accetta ad una condizione: restare al Jeffersonian perché non vuole che lui abbandoni la sua vita. La puntata si conclude con Bones e Booth che lasciano il laboratorio.