Michael e gli altri continuano a scavare il tunnel, ma quando comincia a piovere capiscono che dovranno uscire quella notte stessa a causa della conca che si è formata. Per riuscire nell'evasione, dovranno staccare la corrente, ma purtroppo c'è un generatore di emergenza che si attiva quando quello principale si blocca. Grazie all'aiuto di Sucre, Michael riesce a scoprire il lasso di tempo tra lo spegnimento e l'accensione dei due generatori: 30 secondi. Gretchen ha scoperto della bomba messa da Sucre nella sua macchina e minacciando Maricruz strappa all'uomo la confessione che Michael è insicuro se dare alla compagnia Whistler o no. Così, Sophia viene presa dagli uomini di Susan e, tramite una conversazione con tanto di tortura via telefono, questa dice che vuole immediatamente le coordinate da Whistler. Dopo ore passate sul libro, Whistler trova le coordinate e, dandone una metà a Susan, patteggia con la donna il resto dei numeri con la vita dei prigionieri e dei prossimi fuggitivi confidando nell'aiuto di Michael; La donna, riluttante, accetta ma da loro esclusivamente 24 ore per entrare in possesso delle coordinate complete, pena la morte di Sofia e LJ. Michael decide di portare con sé anche McGrady, accontentando la sua richiesta. Sucre riesce a mettere fuori uso le jeep dei soldati per la ronda notturma, ma, proprio quando sta per andare, viene fermato da una guardia che gli comunica che sul nome Jorge Rivera, la falsa identità di Sucre, c'è un ordine di arresto. Il tunnel è pronto, ma quando Michael comunica che ci saranno solamente 30 secondi per evadere, Lechero e T-Bag minacciano Whistler e si mettono in prima fila pronti a scappare seguiti da Bellick mentre Mahone, ritornato lucido dopo aver smesso di drogarsi, si allea con Michael. Lincoln deve occuparsi di far saltare la corrente, e rubando un autobus, riesce a distruggere il palo d'alimentazione della corrente di Sona, dando così il via all'evasione.