Zum Schutze der Biju-Geister wurde beschlossen, die letzten beiden Jinchuriki Naruto und Killer B auf die geheime Insel Shimagame zu schicken, wo sie sicher vor den Angriffen Akatsukis sind. Naruto wird deshalb zusammen mit Yamato, Guy und Aoba auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um zu verhindern, dass Naruto am vierten Ninjaweltkrieg teilnimmt.