Ormai sono circa tre settimane che Michael è rinchiuso nel Fox River e mancano appena 17 giorni alla data dell'esecuzione di Lincoln. Per proseguire nell'attuazione del suo piano deve raggiungere un edificio usato come deposito, o almeno è quel che credeva in quanto il magazzino è stato trasformato in un ufficio utilizzato dalle guardie carcerarie. Il direttore Pope intanto ordina a Bellick di fare il necessario affinché venga smascherato il detenuto che durante la rivolta ha ucciso Bob; Bellick, saputo che Westmoreland ha probabilmente assistito alla morte del collega, gli chiede il nome pena la fine della loro amicizia. Veronica, ancora scossa per le minacce subite, rientra a casa assieme a Nick: un suo vicino di casa li accompagna portando loro dentro degli scatoloni con gli incartamenti di altri processi ma, appena aperta la porta, i tre vengono investiti da una potente esplosione. Sucre suggerisce a Michael che un modo per entrare nella stanza occupata dalle guardie è quello di appiccare un incendio in modo che i lavori di ristrutturazione vengano poi affidati agli uomini delle P.I. L'unica persona che potrebbe aiutarli è un detenuto che ha l'accesso per quell'ufficio, ossia Charles Westmoreland che però, nonostante l'appello di Michael, si rifiuta di fare qualsiasi azione contro la legge. Lincoln riceve una visita da una giornalista che pensa possa aiutarlo: in realtà la donna minaccia la vita di LJ. Poco dopo infatti i Servizi Segreti si recano a casa del ragazzo e uccidono Lisa e il marito: LJ riesce a fuggire, dopo essere riuscito a fotografare un assalitore, ma Kellerman e Hale lasciano le sue impronte sulle armi in modo che venga incriminato per il duplice omicidio. Veronica e Nick intanto sono riusciti a sopravvivere all'esplosione e Nick convince Veronica a stare nascosti per un po'. Al Fox River, Marilyn, l'adorata gatta di Westmoreland, viene trovata senza vita, uccisa da Bellick; l'uomo allora per "vendicare" la sua morte, decide di provocare l'incendio nella stanza delle guardie, facendo ricadere la colpa su una disattenzione di Bellick stesso.. I ragazzi delle P.I. hanno finalmente via libera per iniziare a scavare un buco e arrivare così alle fogne. Scopriamo infine l'identità della misteriosa donna bionda: si tratta di Caroline Reynolds, la Vice Presidente degli Stati Uniti, sorella del defunto Terrence Steadman.